Калининградская область находится в зоне смешаных лесов. Большие всего лесов на востоке области, в Краснознаменском, Нестеровском и Черняховском районе. На юге Нестеровского района, у границы с Польшей, расположен Красный лес — часть Роминтенской пущи. Также лесом покрыта значительная часть территории Куршской и Балтийской кос. Основные лесообразующие породы — ель, сосна, дуб, клен, береза. Ель наиболее широко распространена в лесных массивах восточных районов области и занимает 25% от общих площадей. Также распространены липа, берёза, ольха, ясень, граб, отдельными местами встречаются дубравы и буковые леса. Всего в растительности региона насчитывается более тысячи видов высших растений.

Следует отметить растения, привезенные сюда из других стран и успешно прижившиеся в регионе в силу мягкого климата. В их числе тюльпанное дерево, багрянник японский, тополь канадский, бархат амурский, магнолия, платан восточный, буки европейский и восточный, можжевельник крымский и другие.

Животные на территории региона представлены копытными, хищниками, грызунами, насекомоядными. В основном, все они живут в лесах. Самый крупный из зверей области — лось. Также встречаются благородный и пятнистый олени, косули и лань. Местами в лесах встречаются небольшие стада кабанов.

Водятся на территории области и хищники - лисицы, куницы, хори, горностаи и ласки.

Среди грызунов встречаются крысы и мыши, бобры, нутрии, ондатры, белки. В регионе можно встретить кротов, ежей и летучих мышей.

Очень разнообразен мир птиц. В Калининградской области живут как постоянные птицы, так и перелетные. Больше всего насчитывается птиц из отряда воробьиных и из отряда вороновых. Также в лесу обитают дятлы, клесты, голуби рябчики и тетеревы. Водятся и хищные птицы — ястреб, лунь, совы, сычи, филины. Можно встретить также полевых и водоплавающих птиц.

В регионе живут более 100 видов пресноводных и морских рыб.